In passato Corte de' Frati era denominata Corte de' Zeni, in quanto feudo della nobile famiglia Zeni.
Il centro è abitato fin dai tempi antichi; dopo i popoli primitivi subentrarono i romani, i quali, potevano contare numerosi insediamenti sulle rive dell'Oglio. I primi cenni storici dell'odierna Corte de' Frati si hanno solo nel IX secolo mentre le prime documentazioni risalgono all'epoca longobarda quando, il paese era noto tra i beni del monastero di Santa Giulia di Brescia. La posizione al confine con Brescia fu determinante per la città dato che veniva spesso coinvolta in sanguinose lotte per riuscire ad ottenere potere sulla riva del fiume; inizialmente, divenne corte regia degli Umiliati di S. Abbondio in Cremona anche se dopo la fine di quest'ordine monastico venne ceduta in parte ai teatini.
Durante il 1648 per fermare l'assalto francese a Cremona fu edificata una trincea di dieci miglia che arrivava fino alle sponde dell'Oglio ma i francesi riuscirono ad oltrepassarla all'altezza di Grumone, dove ancora oggi è possibile vedere i segni della fortificazione. Interessante da visitare a Corte de' Frati la chiesa parrocchiale in onore dei Santi Filippo e Giacomo in cui sono state rinvenute al di sotto della navata centrale tracce di antiche sepolture risalenti al periodo di presenza dei monaci; l'edificio fu ampliato nel 1866 a scapito dell'oratorio di San Rocco.
A Corte de' Frati è possibile trascorrere giorni indimenticabili, immersi nella storia di un tempo, soggiornando in hotel, agriturismi, b&b e residence sempre pronti a soddisfare ogni esigenza.