Dal punto di vista naturalistico, l'Alta Murgia è l'area steppica più estesa del territorio italiano. Nel Parco dovrebbero essere compresi 50.000 ettari di pascoli impervi e sassosi, terreni rocciosi, garighe. Oltre 30.000 ettari risultano coltivati a grano duro, foraggiere, olivo, vite, mandorlo. Presenti anche 11.000 ettari di bosco ceduo, con roverella, fragno, coccifera, leccio, cerro e farnetto. Nella fauna, accanto alle specie comuni, si annovera il capovaccaio, la rarissima gallina prataiola, il gatto selvatico e il cinghiale.
Tra gli anfibi troviamo il tritone italiano, l'ululone a ventre giallo, il rospo smeraldino. Tra i rettili, la testuggine terrestre, il colubro leopardino e due specie di natrici.
I comuni interessati dalla proposta di perimetrazione sono 13, in provincia di Bari e di Barletta-Andria-Trani.